Mùa đông năm Nhâm Tuất (1802) xa giá vua Gia Long từ Thăng Long trở về Phú Xuân và tổ chức lễ Hiến phù, “tận pháp trừng trị” vua quan Tây Sơn.
Sau khi tạm ổn định tình hình, ngày 2.5 năm Nhâm Tuất (12.6.1802) Nguyễn vương Nguyễn Phúc Ánh lên ngôi lấy niên hiệu Gia Long nguyên niên ở Kinh thành Phú Xuân và sau đó đưa đại quân ra bắc để tiêu diệt vua Tây Sơn.
Ngày 23.6 năm Nhâm Tuất (1802) vua Gia Long vào thành Thăng Long và vài tháng sau bắt sống vua Tây Sơn Nguyễn Quang Toản ở rừng Phượng Nhãn, sau đó đưa về Phú Xuân tổ chức lễ Hiến phù.
Đại Nam thực lục chính biên chép: “Tháng 11, Nhâm Tuất (1802) làm lễ tuyên cáo võ công. Ngày quý dậu (6.11 âm lịch, nhằm ngày 30.11.1802) tế thiên địa thần kỳ. Ngày giáp tuất (7.11 âm lịch, nhằm ngày 1.12.1802) hiến phù ở Thái miếu… Sai Nguyễn Văn Khiêm là đô thống chế dinh Túc trực và Nguyễn Đăng Hựu làm tham tri hình bộ áp dẫn Nguyễn Quang Toản và em là Quang Duy, Quang Thiệu, Quang Bàn ra ngoài cửa thành, xử án lăng trì cho 5 voi xé xác (dùng 5 con voi chia buộc vào đầu và hai tay hai chân, rồi cho voi xé, đó là một thứ cực hình), đem hài cốt của Nguyễn Văn Nhạc và Nguyễn Văn Huệ giã nát rồi vứt đi, còn xương đầu lâu của Nhạc, Huệ, Toản và mộc chủ của vợ chồng Huệ thì đều giam ở Nhà đồ ngoại (năm Minh Mệnh thứ 2 đổi giam vào ngục thất cấm cố mãi mãi). Còn đồ đảng là bọn Trần Quang Diệu, Võ Văn Dũng đều xử trị hết phép, bêu đầu cho mọi người biết”.
Tương truyền quảng trường, nơi tổ chức lễ Hiến phù, nằm trước từ đường Dũng Triết Vương, phía tây thành Phú Xuân. Khu vực này về sau có Tôn Nhân Phủ, Khâm Thiên Giám, Bộ Học và một phần của công viên Bao Viên sau đổi tên thành công viên Nguyễn Văn Trỗi (TP.Huế) hiện nay.
Để không còn sinh phúc
Việc vua Gia Long trả thù nhà Tây Sơn và đưa “hoa cái” của 3 vị vua vào giam trong ngục thất được lý giải và mô tả qua bức thư của giáo sĩ Bissachèrre, như sau:
“Tôi xin khởi sự với các việc về vua trẻ Tây Sơn. Trước hết người ta đã bắt vua đó mục kích một cảnh tượng đau lòng. Hài cốt của cha mẹ vua chết đã mười, mười hai năm nay, cùng hài cốt những người bà con gần của vua đều bị quật lên. Người ta sắp các xương của Quang Trung, cha vua và các xương của mẹ vua… rồi người ta theo lệ bề ngoài chém cổ để làm sỉ nhục, và nhất là để các xương đó không còn sinh phúc cho con cháu, theo tục mê tín của người trong xứ. Rồi tất cả xương được dồn vào trong một cái giỏ lớn để binh sĩ đến tiểu tiện vào. Xong, người ta nghiền xương thành bột, bỏ vào một giỏ khác đặt trước vua trẻ Tây Sơn để làm cho vua đó đau khổ.
Bấy giờ người ta dọn cho vua một bữa tiệc khá long trọng, chiếu theo tục trong xứ đối với những kẻ sắp bị tử hình. Em vua (tức Quang Thiệu) can đảm hơn vua, thấy vua ăn thì trách và bởi vì mâm người ta dọn đồ ăn bưng tới đó có những đặc điểm có ý tôn trọng chức vua, nên ông nói: “Nhà mình thiếu gì mâm, cần gì phải ăn mâm mướn”.